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아미노산 배열의 일부를 치환해 단백질의 성질을 변경하는 경우 단백질의 유전자를 확보하고 염기배열을 치환한 올리고뉴클레오티드를 프라이머로 하는 중합효소 연쇄반응을 통해 부위 특이적변이를 도입한다, Fc융합 단백질과 같이 단백질의 기능 도메인을 융합시켜 새로운 단백질을 제조하는 경우는 각 도메인의 cDNA를 연결해서 하나의 단백질의 유전자를 새롭게 만든다. 각 도메인 사이에 짧은 아미노산 배열이 삽입된 경우 링커의 배열이 단백질의 기능에 영향을 줄 수 있기 때문에 최적의 링커를 선택하여야 한다.
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